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荀子
荀子，名况，字卿。中国3D武侠动画《秦时明月》及其姐妹篇《天行九歌》系列中的男性角色，以战国末期赵国思想家、教育家荀子为原型（逝世时间等设定有因剧情需要而做出改动）。
桑海儒家“齐鲁三杰”的师叔，儒家辈分最高的长者高人，是儒家继孔子和孟子之后的另一位儒学大家，更是两位法家著名代表人物——李斯、韩非的授业老师。配音演员： 王肖兵
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阿忠
阿忠，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的原创男性角色。一个普通的墨家弟子。被阴阳家左护法星魂用读心术严刑拷问。最后被“剑圣”盖聂和墨家头领盗跖救回。
配音演员： 樊俊航
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庖丁
庖丁，中国3D武侠动画《秦时明月》中登场的男性角色。
庖丁是个憨厚开朗的大胖子，也是个烧遍天下美食的名厨。他的解牛刀法不仅可以用来切菜，更是神秘莫测的高深武功。他是个外粗里细的人，在桑海城中开了家“有间客栈”，负责儒家小圣贤庄平时的饮食，可以一人包办儒家上下近千人的餐饮大事。
庖丁真实身份是墨家统领之一，是隐匿潜伏于桑海城的墨家高手，在墨家机关城覆灭后负责暗中应接同门。 -
盗跖
盗跖，中国3D武侠动画《秦时明月》中的男性角色，设计灵感来源于中国历史上的春秋时期大盗盗跖，但并不设定为同一人。
墨家统领之一，号称“天下第一神偷”、“盗王之王”，身材纤瘦，擅长飞檐走壁，轻功卓越，绝技是“电光神行步”。虽然生性油滑，嘴巴不老实，看似不太可靠，但骨子里也有着认真、执着的一面，危难时刻绝不临阵脱逃。讨厌孔子以及儒家的那些大道理，但不排斥儒家中同为反秦势力的人。 -
端木蓉
端木蓉，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的女性角色，原型为温世仁原著小说《秦时明月》系列中的女性角色端木蓉。
墨家统领之一，出身医家。清丽脱俗，冷若冰霜，实则外冷内热、似刚却柔，居住在风景秀丽的镜湖医庄，年纪轻轻却医术高明，有“镜湖医仙”之称。与燕国高月公主同为墨家弟子，对高月百般呵护。对来自秦国的“剑圣”盖聂有强烈的敌意，但深入接触后逐渐改变了看法，互生爱慕之情。 -
雪女
雪女，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的原创女性角色之一。
容貌倾国倾城，超凡脱俗。墨家统领之一，出身赵国，原是妃雪阁执掌者，燕地最秀美清丽的舞姬。舞艺冠绝天下，笑傲王侯，精通琴棋书画，一曲《白雪》据说能够让最铁石心肠的人落泪，绝技舞蹈“凌波飞燕”被雁春君称为是“燕国都城的传说” 。亦为“死亡之舞”，雪女曾立誓绝不在人前跳这支舞，如违誓言，必见血光。
与燕国乐师高渐离是一对令人羡慕的神仙眷侣。其箫声“白雪”与高渐离击筑曲目“阳春”合称“阳春白雪”，虽然因经历过一段不为人知的过去而立誓“终此一生，不会再嫁”，没有与高渐离结为夫妻，但彼此情深意真，生死相随。 -
大铁锤
大铁锤，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的男性角色。性格豪爽、重义气，但暴躁易怒，是墨家中性格最为急躁爆烈的男子。他身材异常魁梧，使用一柄带有链条的巨型铁锤“雷神锤”。
原本是燕国下级军官，由于反感为富不仁、窃国欺民的贵族、高官而屡遭迫害，险些在战场上被作为诱饵牺牲掉，后被墨家巨子（真实身份为燕太子丹）救出，从此成为墨家统领，死心塌地追随墨家反秦。 -
高渐离
高渐离，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的男性角色，原型为中国历史上的战国末期燕国人高渐离。
燕国琴师，气质忧郁高雅，容颜俊美。原在燕国酒肆、妃雪阁等多地弹琴，较有名气。后成为墨家统领，被墨家众人称作“小高”，武功在六国灭亡后仅存的墨家成员中仅次于墨家巨子燕丹，地位上也和班大师一样仅次于巨子。
高渐离与旷修、荆轲二人互为知己，尤其敬重大哥荆轲，易水河畔与荆轲相和的一首“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还”流传千古。高渐离和雪女生死相随，感情深厚，其击筑曲目“阳春”与雪女的箫声“白雪”合称“阳春白雪”，在燕国乃至天下皆堪称一绝。 -
荆轲
荆轲，中国3D武侠动画《秦时明月》系列及衍生作品中的男性角色，以温世仁原著小说《秦时明月》系列中角色荆轲为直接原型，以战国时期著名刺客荆轲为原型。
墨家统领之一，受命于燕太子丹刺杀秦王政，与众友易水相别，留下千古名句“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还”，但最终刺杀失败身亡。留下儿子男主角荆天明，由知己盖聂保护，一路流亡。
主要登场于动画第3部第14-15集，另在姐妹篇《天行九歌》第3集中有客串。配音演员： 孙晔
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徐夫子
徐夫子，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的男性角色。
枯瘦老者，墨家统领之一，人称“剑之尊者”，著名的铸剑大师，他手中铸造出的宝剑，都是剑客们梦寐以求的神兵利刃，精通采五金融和青铜的冶剑技术，名剑“水寒”就是出自他的手中。 -
班大师
班大师，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的原创男性角色。
墨子后裔，老者。墨家统领中地位最高者之一，非攻机关术专家，以善于发明各种机关而闻名。木匠出身，由于幼年的一次意外导致失去一条手臂，从此开始钻研和制造各种机关。看起来是个糊涂的老头儿，实际上在机关术上有着天人一般的精湛技艺。 -
燕丹
燕丹，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的男性角色，原型为历史上的战国末期燕国太子燕丹。
姬姓，燕氏，名丹。燕王喜的儿子，阴阳家焱妃的丈夫，高月公主的父亲。本为燕国太子，因刺秦计划失败而携带妻女逃亡。后故作被卫庄杀死，让世人皆以为燕丹已亡。从此隐秘王族身份，以墨家巨子的身份活动，世上没有几人知道他的真实身份。
多年后，燕丹在墨家机关城再次与卫庄展开交锋，并最终公开了自己的真实身份。但因身中阴阳家的六魂恐咒，无法医治，燕丹将一生内力及巨子之位传给了荆天明，最终选择与崩塌的墨家机关城一起陨落。 -
六指黑侠
六指黑侠，中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的原创男性角色。
燕丹的前任的墨家巨子。其左手（第2部画面中实际为右手）上有六根手指，又喜着黑色斗篷，故被江湖人称“六指黑侠”。生前叱咤风云，连阴阳家五大长老联手都没有拿下，但后来却突然失踪不见，消失于众人的视野，若干年后竟被发现死在墨家禁地的石牢中。江湖传闻称其被卫庄杀死，实际是死于阴阳家东君焱妃的六魂恐咒。配音演员： 郭易峰
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卫庄
卫庄，中国3D武侠动画《秦时明月》系列及其姐妹篇《天行九歌》中的男性角色，原型为温世仁原著台湾武侠小说《秦时明月》系列中的卫庄。
韩国人，自小就因不明原因在韩国王宫中生活。纵横家，鬼谷横剑术传人，浑身充满邪气与霸气，武功深不可测，是霸气与力量型的剑客。起初目标为击败师哥盖聂，证明自己的实力，继承鬼谷绝学，为此他一度与秦朝合作，在墨家机关城与盖聂一战，实力难分伯仲。后在韩国友人张良的劝解下，与盖聂、墨家等反秦势力达成暂时的利益合作关系。
同时也是“流沙”组织的现任最高首领。一直在暗中调查昔日好友——“流沙”创立者韩非的死因。 -
盖聂
盖聂（gě niè），中国3D武侠动画《秦时明月》系列中的主要男性角色，以温世仁原著小说《秦时明月》系列中角色盖聂为直接原型，以中国战国末年剑术家盖聂为根本原型。
气质从容淡定，处事冷静。师出鬼谷，剑术出神入化，被称为天下第一剑客，在江湖上享有“剑圣”的名号，但是却为了对逝去朋友荆轲的承诺，出人意外地从秦国叛逃，带着故人荆轲之子荆天明，亡命天涯。佩名剑“渊虹”。渊虹剑折断后改用自削的木剑。在张良的调解下，与流沙达成暂时的合作关系。